2010-2012年广州市柯萨奇病毒A4、A10型VP1基因特征分析

目的 检测广州市2010-2012年手足口病(HFMD)病例粪便样本中的肠道病毒,并对其中的柯萨奇病毒A4型(CoxA4)和柯萨奇病毒A10型(CoxA10) VP1基因核苷酸序列进行进化分析.方法 收集2010-2012年广州市HFMD疑似病例粪便样本5 484份,采用RT-PCR进行肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A16型(CoxA16)、CoxA4、CoxA10和其他肠道病毒阳性检测,阳性样本共4 111份.对其中的CoxA4及CoxA10阳性样本分别进行巢式RT-PCR,扩增肠道病毒VP1基因片段,并对VP1基因片段进行测序,利用生物信息学分析序列,构建系统进化树,进行进化分析.结果 在4 111份肠道病毒阳性样本中,EV71、CoxA16、CoxA10、CoxA4的阳性率分别为35.1％(1443/4111)、30.7％(1261/4 111)、2.0％(82/4 111)、0.8％(31/4 111),不同肠道病毒阳性率差异有统计学意义(x2=148.34,P＜0.05).CoxA4样本以3岁组阳性率最高,为1.3％ (7/534),CoxA10样本以0岁组阳性率最高,为3.7％(34/914);CoxA4样本阳性率4月份达到高峰,为2.6％(12/460),CoxA10样本阳性率8月份达到高峰,为4.3％(12/278).VP1基因核苷酸遗传进化分析显示,CoxA4阳性样本VP1基因核苷酸序列可分为A、B2个亚型,Cox A10阳性样本VP1基因核苷酸序列可分为A、B、C3个亚型,广州市2010-2012年CoxA4和CoxA10阳性样本VP1基因核苷酸序列均属于A亚型.结论 广州市2010-2012年HFMD病例粪便样本中CoxA4和CoxA10阳性样本VP1基因核苷酸序列均属于A亚型.