野鸭源H6N1亚型禽流感病毒全基因的克隆及序列分析

扩增、克隆H6N1亚型禽流感病毒(AIV)A/mallard/Sanjiang/275/2007(M-275)的全基因序列,进行序列分析,并探讨该病毒的进化特点。设计特异性引物,扩增克隆2007年从三江自然保护区野鸭身上分离到的H6N1亚型AIV,测序后进行序列分析。同源性分析发现,M-275与H6亚型和N1亚型AIV同源性最高,说明M-275为H6N1亚型。其裂解位点为PQIETR↓G,无连续碱性氨基酸的插入,说明M-275属于典型的低致病性毒株。通过序列比对,M-275的HA基因与2000年以后北美以及中国地区分离到的H6亚型AIV同源性在97%以上,与HA基因同源性最高的毒株为A/northern pintail/Alaska/44202-143/2006(H6N1)和A/northern pintail/Alaska/44204-158/2006(H6N4),与NA基因的核苷酸同源性最高的毒株是A/mallard/ON/499/2005(H5N1),推测M-275的NA基因片段来自于该病毒谱系。进化分析结果显示,HA基因与美国、日本、中国等国家和地区流行的N1、H2、N4、N8和N9等亚型毒株处于同一分支;NA基因与美国、日本等国家和地区流行的H2、H5、H6、H11、H3等亚型毒株处于同一分支;PB1基因与美国、日本等国家和地区流行的毒株处于同一分支;而PB2、NP、M以及NS基因则与日本、韩国、香港和中国地区的病毒株处于同一分支;PA同中国地区和澳大利亚、马来西亚、瑞典等国家的毒株处于同一分支。M-275毒株基因组构成来源复杂,NA基因和NP基因分别与野鸭源的H5N1和H1N1等毒株同源性很高,表明H6亚型禽流感病毒也在不断的发生重排,值得深入研究。