基于等位基因特异性引物延伸的高分辨率熔解曲线基因分型方法的建立

目的 建立基于等位基因特异引物延伸的高分辨率熔解曲线法(allele-specific-extension high resolution melting curve analysis,ASE-HRM).方法 ASE-HRM法是在普通高分辨率熔解曲线法(high resolution melting curve analysis,HRM)的PCR反应体系中加入一条等位基因特异性延伸引物(allele-specific-extension,ASE),该引物末端终止于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,匹配一种等位基因.增加热循环次数,使等位基因特异性引物得以延伸.选取rs1 869 458位点,用ASE-HRM法和直接测序法对194个人源基因组DNA样品进行基因分型.结果 通过分析熔解曲线扩增峰,可区分杂合型和纯合型SNP;通过分析有无引物延伸峰,可区分2种纯合型;同时证明长度为11到13个碱基的ASE引物能得到较好的分型结果;使用锁定核酸(locked nucleic acid,LNA)修饰扩增引物可增加扩增产物和延伸产物的解链温度(melting temperature,Tm)差距,简化基因分型.2种方法对所选DNA样品基因分型所得结果完全吻合.结论 ASE-HRM是一种简单、廉价、闭管并能用于检测所有类型SNP的基因分型法.