陈亚珠院士早期致力于过电压防雷保护、高电压绝缘设计、静电场数值计算领域研究，成绩卓著，荣获国家科技进步三等奖等多项省部级奖项。

上世纪80年代初，她率先将新兴科学及工程技术应用于无创伤医疗领域，和团队成功研制的“液电冲击波体外粉碎肾结石机”，开创了中国泌尿外科史上非手术治疗法，大面积推广应用，治疗肾结石患者数百万人次，实现国制替代进口，荣获国家科技进步一等奖。而后又相继推出射频等医疗装备，取得优良的社会效益。本世纪以来，她开创超声治疗新方向，提出相控型多模式高强度聚焦超声治疗理念，她和团队研制的相控型多模式聚焦超声和医学影像融合大型医疗设备，又称“磁波刀”和“超波刀”，成功实施了妇科、肿瘤等多领域的临床研究和成果转化。授权发明专利60余项，国内外发表论文450余篇。她领衔团队为中国高端医疗器械民族化、产业化作出了重要的贡献。