主要从事智能交通、交通安全、智能运输与物流管理、交通冲突和事故建模、静态交通等领域的研究。在上述领域以第一作者/通讯作者发表学术论文19篇，其中交通领域SCI/SSCI期刊论文9篇，EI论文7篇，出版著作1项。
吴瑶博士主持高水平师资人才引进计划1项，江苏省普通高校科研创新计划1项，东南大学优秀博士学位论文基金1项，参与国家自然基金项目2项，国家高技术研究发展计划（863计划）子课题1项。目前为Transportation Research Part A-F，AAP，plosOne等多个国际知名期刊审稿专家，荣获国际期刊杰出论文审稿奖3项。受邀在交通运输研究委员会年会(TRB)、COTA国际交通科技年会(CICTP) 、交通信息与安全国际学术会议（ICTIS）等国内外重要学术会议做研究报告5余次。
目前担任“第六届交通信息与安全国际会议（ICTIS 2021）”“Road Traffic Safety: Emerging Techniques and Application”分会主席及会务组成员；指导学生团队参加“第六届江苏省交通科技大赛”，“南京邮电大学第一届大学生智慧城市技术应用与创意设计大赛”，以及 “大学生科技创新训练计划（STITP）”。