基本信息
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职业迁徙
个人简介
1988年,北京大学生物学系毕业,获理学士学位。1996年,美国圣路易斯大学生物化学和分子生物学系毕业,获博士学位。2002年,获美国北卡罗莱纳州立大学计算机科学工程硕士学位。1997-2000年,在美国杜克大学从事博士后研究。2001-2009年,先后在美国基因医药公司、葛兰素史克公司、和米氏健康系统公司任职,负责生物信息技术项目研发和管理。2007-2009年兼职上海生物信息技术研究中心研究员。2009年9月至今,任职中科院上海生科院植物生理生态研究所研究员。 2010年入选中科院平台百人计划和上海市浦江人才计划。承担了包括国家重点基础研究发展项目(973项目)、国家高技术研究发展计划(863计划)、国家科技重大专项转基因生物新品种培育、国家自然科学基金、中科院先导A等项目。现担任上海生物信息学会理事、中国医药生物技术协会生物医学信息分会常务委员。
研究方向:
课题组围绕动植物功能基因组和遗传多样性的重要问题,结合高通量实验技术和生物信息学理论方法,开展生物组学的大数据分析研究。
主要研究方向包括如下三个方面:
(1) 模式动植物的功能基因组和功能转录组研究:
通过发展和优化生物信息学理论方法,开展重要生物物种的功能基因组/功能转录组的解析。实验室完成了多个重要物种的基因组De Novo拼装和基因模型构建,基因组复杂区(dark matter)和多态性分析解析,重要基因家族的演化和分化;完成了多种植物物种的转录组De Novo拼装,及其基因模型预测,代谢通路构建。
(2) RNA表观遗传机制及功能的系统进化:
RNA表观遗传机制包括RNA可变剪接、RNA编辑、和lncRNA。我们通过多组学大数据分析和实验验证,在RNA反式剪接、RNA编辑的系统进化和功能方面,有一系列的重要发现,拓展人们对RNA表观遗传机制和功能的认知。
(3) 植物代谢组及其遗传调控网络、和天然产物小分子功能表征研究:
我们通过对植物代谢表型和基因多态性的关联分析(GWAS),开展植物代谢的遗传调控网络研究。同时,我们还对天然产物小分子(中药小分子)开展了系统性的细胞功能表征实验分析,为揭示天然产物的药用功能和临床应用,建立大数据分析研究基础。
研究方向:
课题组围绕动植物功能基因组和遗传多样性的重要问题,结合高通量实验技术和生物信息学理论方法,开展生物组学的大数据分析研究。
主要研究方向包括如下三个方面:
(1) 模式动植物的功能基因组和功能转录组研究:
通过发展和优化生物信息学理论方法,开展重要生物物种的功能基因组/功能转录组的解析。实验室完成了多个重要物种的基因组De Novo拼装和基因模型构建,基因组复杂区(dark matter)和多态性分析解析,重要基因家族的演化和分化;完成了多种植物物种的转录组De Novo拼装,及其基因模型预测,代谢通路构建。
(2) RNA表观遗传机制及功能的系统进化:
RNA表观遗传机制包括RNA可变剪接、RNA编辑、和lncRNA。我们通过多组学大数据分析和实验验证,在RNA反式剪接、RNA编辑的系统进化和功能方面,有一系列的重要发现,拓展人们对RNA表观遗传机制和功能的认知。
(3) 植物代谢组及其遗传调控网络、和天然产物小分子功能表征研究:
我们通过对植物代谢表型和基因多态性的关联分析(GWAS),开展植物代谢的遗传调控网络研究。同时,我们还对天然产物小分子(中药小分子)开展了系统性的细胞功能表征实验分析,为揭示天然产物的药用功能和临床应用,建立大数据分析研究基础。
研究兴趣
论文共 127 篇作者统计合作学者相似作者
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时间
引用量
主题
期刊级别
合作者
合作机构
biorxiv(2024)
Addiction biologyno. 10 (2023)
Niubing Zhang, Xiang Cheng,Yilong Zhu, Ouyang Mo, Huiqing Yu, Liqi Zhu, Juan Zhang,Linlin Kuang, Ying Gao,Ruiyuan Cao,Xiaozhen Liang,Haikun Wang,
Science China. Life sciencesno. 10 (2023): 2329-2341
Nucleic acids research (2023)
bioRxiv (2022)
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合作机构
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