胡晓湘教授有非常明确和固定的研究方向，研究主要围绕鸡、猪重要经济性状的遗传规律、遗传机制而展开，在鸡、猪QTL 定位、主效基因检测、重要基因位置克隆等方面做了大量研究工作。共发表或合作发表研究其中SCI论文56篇，以第一作者或通讯作者发表SCI论文16 篇；2003 年获教育部技术发明奖一等奖;2004 年获国家技术发明二等奖;2005 年获得教育部科学进步二等奖；2006 年获教育部自然科学奖二等奖；2007 年获得霍英东基金青年教师奖；2008 年入选教育部新世纪优秀人才支持计划；2009 年获国家科技发明奖二等奖。

目前承担一项国家转基因重大专项，两项自然科学基金面上项目。主要研究鸡、猪体重、生长、抗病、外貌等重要性状发育、表达、遗传和调控的机理。目前研究方向：
1.解析控制畜禽重要经济性状的功能基因及其分子作用机制，开展猪、鸡遗传多样性研究和优质种质资源挖掘；
2.畜禽基因组选择：发展二代测序技术应用于畜禽全基因组选择，利用覆盖全基因组的高密度分子标记进行猪、鸡重要经济性状的遗传评估和指导品种选育；
3.畜禽转基因动物模型研究：通过CRISP-Cas9技术对猪、鸡基因组进行基因修饰和功能研究。