Im Zuge seiner wissenschaftlichen Arbeit veröffentlichte Walter Doerfler über vierhundert Artikel und vierzehn Bücher innerhalb seines Fachgebietes.

Während seiner wissenschaftlichen Tätigkeit machte er folgende genetische Entdeckungen:

Molekulare Biologie des onkogenen Adenovirus Typ 12
Integration viraler DNA in das Genom von Säugerzellen
de novo Methylierung integrierter fremder DNA
Promotor-Methylierung als langfristiges Abschaltsignal von Genen
Integration von fremder DNA hat Fernwirkungen auf die Methylierung im Genom der Rezipientenzelle
Schicksal mit der Nahrung aufgenommener fremder DNA
Methylierungsmuster im menschlichen Genom, molekulare medizinische Genetik