曾获省级以上科技奖励和学术荣誉称号的情况：

孙玉军教授获省部级以上科研奖励4项，主持大兴安岭火烧区森林恢复规划设计，获林业部大兴安岭森林恢复个人贡献奖（1991）；参加林业部“七五”攻关课题‘森林随机生长模拟系统研究’，把枯损量模型引入到林分生长模型系统，获林业部科技进步二等奖（1992）；主持黑龙江省基金‘次生林间伐理论与技术研究’，提出了数量间伐参数的改进方法，获黑龙江省科技进步四等奖（1995）；参加“东北天然林生态采伐更新技术”获梁希林业科学技术奖一等奖（2009）。