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研究领域
我们实验室主要研究的生物学问题是果实发育成熟和叶片光合作用。研究方法是用多组学大数据从全基因组的角度研究转录调控的机制。
近期我们发现DNA甲基化是除了转录因子和乙烯之外控制番茄成熟的重要因子。通过比较基因组学对比11种果实的基因表达,染色质开合,核小体修饰,DNA甲基化图谱,我们发现开花植物用了三种方式进化出呼吸跃变果实,其关键基因都受到保守的H3K27me3控制,并且可以追溯到 拟南芥水稻等干果里面。这说明在进化过程中,番茄香蕉等水果不仅继承并改进了其祖先被子植物的基因,还沿用了它们的 表观遗传标记来控制成熟。
我们通过大规模转录因子ChIP-seq来比较不同植物叶片的基因调控网路。高粱,玉米,谷子,甘蔗等植物进化出一套高效的碳4光合通路。和果实成熟类似,C4光合也是趋同进化的产物。所以我们通过功能基因组学和生物信息学等多层面研究C4基因的调控机制,并利用比较基因组学研究C4进化的途径。通过大规模转录因子ChIP-Seq和ATAC-Seq,我们成功重构了玉米叶片转录调控的网路,发现其具有scale-free特性,节点关联符合power law分布。
任The Crop Journal副主编、Scientific Reports Journal编委。相关研究成果在Nature,Nature Biotechnology,Nature Plant,The Plant Cell, Molecular Plant等国际一流杂志上发表。
我们实验室主要研究的生物学问题是果实发育成熟和叶片光合作用。研究方法是用多组学大数据从全基因组的角度研究转录调控的机制。
近期我们发现DNA甲基化是除了转录因子和乙烯之外控制番茄成熟的重要因子。通过比较基因组学对比11种果实的基因表达,染色质开合,核小体修饰,DNA甲基化图谱,我们发现开花植物用了三种方式进化出呼吸跃变果实,其关键基因都受到保守的H3K27me3控制,并且可以追溯到 拟南芥水稻等干果里面。这说明在进化过程中,番茄香蕉等水果不仅继承并改进了其祖先被子植物的基因,还沿用了它们的 表观遗传标记来控制成熟。
我们通过大规模转录因子ChIP-seq来比较不同植物叶片的基因调控网路。高粱,玉米,谷子,甘蔗等植物进化出一套高效的碳4光合通路。和果实成熟类似,C4光合也是趋同进化的产物。所以我们通过功能基因组学和生物信息学等多层面研究C4基因的调控机制,并利用比较基因组学研究C4进化的途径。通过大规模转录因子ChIP-Seq和ATAC-Seq,我们成功重构了玉米叶片转录调控的网路,发现其具有scale-free特性,节点关联符合power law分布。
任The Crop Journal副主编、Scientific Reports Journal编委。相关研究成果在Nature,Nature Biotechnology,Nature Plant,The Plant Cell, Molecular Plant等国际一流杂志上发表。
研究兴趣
论文共 103 篇作者统计合作学者相似作者
按年份排序按引用量排序主题筛选期刊级别筛选合作者筛选合作机构筛选
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期刊级别
合作者
合作机构
Natasha E Yelina,Eftychios Frangedakis, Zhemin Wang,Tina B Schreier,Jenna Rever,Marta Tomaselli, Edith Forestier,Kumari Billakurthi, Sibo Ren, Yahui Bai, Julia Stewart-Wood,Jim Haseloff,
biorxiv(2024)
Haidong Yan, John P Mendieta,Xuan Zhang,Alexandre P Marand,Yan Liang, Ziliang Luo, Mark A A Minow,Thomas Roulé,Doris Wagner,Xiaoyu Tu,Yonghong Wang,Silin Zhong,
bioRxiv : the preprint server for biology (2024)
Buddhini Ranawaka,Jiyuan An,Michal T. Lorenc,Hyungtaek Jung,Maria Sulli,Giuseppe Aprea,Sally Roden,Victor Llaca,Satomi Hayashi, Leila Asadyar,Zacharie Leblanc, Zuba Ahmed,
NATURE PLANTS (2024)
Buddhini Ranawaka,Jiyuan An,Michał T. Lorenc,Hyungtaek Jung,Maria Sulli, Giuseppe Aprea,Sally Roden,Victor Llaca,Satomi Hayashi, Leila Asadyar,Zacharie LeBlanc, Zuba Ahmed,
Nature Plantsno. 1 (2024): 1-1
Qu Zhe, Wing Chung Yiu,Ho Yin Yip,Wenyan Nong, Clare W. C. Yu,Ivy H. T. Lee,Annette Y. P. Wong, Nicola W. Y. Wong,Fiona K. M. C. Cheung,Ting Fung Chan,Kwok Fai Lau,Silin Zhong,
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Buddhini Ranawaka,Jiyuan An,Michał T. Lorenc,Hyungtaek Jung,Maria Sulli,Giuseppe Aprea,Sally Roden,Victor Llaca,Satomi Hayashi, Leila Asadyar,Zacharie LeBlanc, Zuba Ahmed,
biorxiv(2023)
The Crop Journalno. 3 (2023): 951-956
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