目前科研工作主要集中在重大传染病——结核病及其病原体——结核分枝杆菌领域。通过应用基因组学、功能基因组学、免疫组学、代谢组学和生物信息学理论和技术在结核病新型生物标志物筛选和评估、结核分枝杆菌耐药机制和结核病抗体谱等方向深入开展创新研究，为开发适宜于结核病临床快速诊断、菌阴结核病诊断和耐药结核菌快速药敏检测技术及新型治疗性疫苗提供理论指导。

目前主持和承担国家自然基金、上海市科委和结核病国家科技重大专项等多个课题研究。迄今，已在国内外学术期刊上发表研究论文60余篇，申请国家发明专利10余项，获科技进步奖6项，并已有5项主持开发的病原体诊断技术成果获得转化。