Danach wechselte er an das Institut für Medizinische Mikrobiologie und Immunologie der Universitätsklink Bonn und verlegte seinen Schwerpunkt auf die molekularbiologischen Untersuchungen von Viren und im Besonderen auf virale Resistenzmechanismen. Im Jahre 1999 wechselte Dr. Kaiser an das Institut für Virologie in Köln und baute seinen Schwerpunkt durch die Entwicklung neuer Untersuchungsmethoden und die Erkenntnisse aus den interdisziplinären Forschungsprojekten weiter aus. Aus diesen Arbeiten konnten entscheidende Erkenntnisse für die optimale Behandlung der HIV, HBV und HCV Infektion gewonnen werden und eine Reihe von Interpretationssystemen wurden erfolgreich in die Diagnostik implementiert (siehe AG Kaiser). Er koordiniert eine Vielzahl von nationalen und internationalen Netzwerken und wurde 2011 für seine wissenschaftlichen Arbeiten zusammen mit T. Lengauer und M. Oette mit dem Heinz Ansmann Preis ausgezeichnet.