Tras publicar sus resultados en Nature, los grandes grupos norteamericanos se vieron sorprendidos por unos desconocidos del Tercer Mundo, procedentes de un país sin ninguna tradición científica. En 1994, el investigador colombiano recibió el Premio Príncipe de Asturias de Investigación, el Premio Robert Koch, la Medalla de Edimburgo y comenzaron a postularle para el Nobel. Demasiado deprisa. EE. UU. estaba dispuesto a impedirlo. Llevaba 20 años trabajando en un proyecto militar secreto con la vacuna candidata RTS, con la que había realizado más de 80 experimentos fallidos. Pero Patarroyo avanzaba con fuerza, y como no tenían nada mejor se vieron forzados a desclasificarla. Mientras, necesitaban ganar tiempo y pidieron al colombiano poder fabricar su formulación en EE. UU. y ensayarla. Ellos mismos hicieron ensayos piloto con las dos vacunas (Colombiana y norteamericana) reportando que "la Spf66fabricada en Colombia fue más inmunogénica que la Spf66 fabricada en Estados Unidos" (Parasite inmunology, Junio 1995.