随着各类组学技术的快速发展，生命科学正逐步从传统的、以单点观察为主的学科，走向以产生和分析数字化组学信息（如基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组等）与功能实验验证相结合的学科。对具体生物学问题的研究也从关注单个突变、单个基因、单个蛋白逐步转向系统化研究。
马丽佳博士长期从事系统生物学研究工作。以顺式调控元件（cis- elements）和反式作用因子（trans- regulator）等转录水平调控、以及mRNA修饰等转录后水平调控为切入点，结合功能基因组学实验与计算生物学方法，研究细胞表型与功能多样性的调控基础。实验室重点关注调控变化对胚胎发育、细胞分化、癌症进展等生理病理过程的影响，以及各级调控之间的相互作用（crosstalk）。同时，关注各类前沿实验技术（单细胞测序、CRISPR基因编辑、微流控技术在生物实验中的应用）和生物信息学分析方法的应用与开发。将“湿实验”与“干实验”相结合，“科学探索”与“技术开发”相结合。