长期以来从事动物系统发育基因组学研究，结合进化和基因组分析方法，整合不同物种的多组学数据（基因组、转录组、调控组等），开发系统发育基因组学分析框架，对有蹄类动物的系统发育、适应性进化、复杂性状解析开展研究工作，并探索其畜牧业、医学的可能应用。前期主要以有蹄类中的反刍亚目和鲸河马亚目动物为研究对象，厘清其系统发育关系；解析瘤胃、骨质角等复杂性状的遗传基础；阐明特殊环境的适应性，如驯鹿北极适应性机制、河马水生适应机制。相关结果入选2019年度“中国生命科学十大进展”，2020年度“中国农业科学重大进展”，受到国内外广泛关注。