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Konrad Beyreuther wurde als Sohn eines evangelischen Pastors geboren. Er studierte Chemie an der Ludwig-Maximilians-Universität München. Seine Doktorarbeit fertigte er am Max-Planck-Institut für Biochemie in München bei Adolf Butenandt an. 1968 wurde er von der LMU München zum Dr. rer. nat. promoviert. Anschließend war er bis 1978 Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Genetik der Universität zu Köln. In jener Zeit hatte er auch Forschungsaufenthalte an der Harvard University und am MRC Cambridge, Großbritannien. 1975 habilitierte er im Fach Genetik. Beyreuther war bis 1987 Professor an der Universität zu Köln. Von 1987 bis 2007 war er Professor und Ordinarius am Zentrum für Molekulare Biologie (ZMBH) der Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg, dessen Direktor er von 1998 bis 2001 war. Seit Januar 2006 ist er Gründungsdirektor am Netzwerk Alternsforschung (NAR) an der Universität Heidelberg.