2003年4月起，吴洁君就开始从事氮化物半导体材料、器件的研究、MOCVD及HVPE生长技术研究及国产设备开发，主持并参与了国家863 课题、国家973项目和国家自然科学基金等多项国家重大课题研究，在2-4英寸GaN单晶衬底研制及量产化技术；HVPE生长GaN厚膜和AlN厚膜的工艺特性与生长机制；非极性面氮化物HVPE生长；硅基MOCVD生长无裂纹GaN基器件等方面均开展了深入的研究，发表相关的SCI论文数十篇，获得授权和申请的国家发明专利数十项。此前，她还曾获国防科工委的国防科学技术二等奖（2001GF2069-5，排名5），航空工业总公司的航空科学技术奖一等奖（20011137，排名5）和三等奖（20001061，排名1）。