黄慧琳博士长期专注于肿瘤RNA表观遗传学的科学研究，取得多项原创性成果，包括揭示RNA m6A甲基化的生成决定机制（Nature, 2019.）、发现一类全新的m6A 读码器和m6A修饰的新功能（Nature Cell Biology, 2018.）、阐明m6A修饰在正常造血分化及急性髓系白血病中的作用（Cell Stem Cell, 2018; Cancer Cell, 2020.）。迄今为止，黄慧琳博士共发表SCI论文40余篇，引用超过9000次，以通讯或第一作者身份在Nature、Nature Cell Biology（2篇）、Cell Stem Cell、Cancer cell（2篇）和Nature Reviews Clinical Oncology等国际高水平期刊发表论文。担任广州精准医学应用学会委员，美国血液学会会员，中国细胞生物学学会会员。担任Nature Cell Biology, National Science Review、Nature Communications和Science Advance等期刊的审稿人。