曹健2000年进入上海交大计算机系从事博士后研究，2002年1月出站后留校任教。多次赴美国斯坦福大学工程信息研究所以访问学者身份进行有关过程管理和服务计算方面的合作研究。主要研究方向为：协同信息系统，网络计算，智能决策支持技术，软件工程。
主持了国家863课题，国家自然科学基金课题，上海市科委重点项目，上海市教委项目、横向委托项目多项，并作为主要成员承担并完成国家自然科学基金重点项目，国家863计划重点课题，上海市科委重大计划多项。
攻读博士学位期间，获得了南京理工大学董事会基金奖特等奖。博士论文被评为南京理工大学优秀博士学位论文。在博士后流动站期间，被评为863/CIMS主题先进工作者。2003年被评为上海交通大学优秀博士后。获2002年上海市科技进步二等奖一项（排名第二），2005年上海市科技进步二等奖一项（排名第三）。入选教育部2008新世纪优秀人才资助计划。
以第一作者在国内外期刊上发表论文60余篇，以第二作者和第三作者发表论文50余篇，并以第二作者出版专著一本。