康世昌长期从事冰冻圈科学研究，在冰冻圈环境化学研究领域获得大量成果。曾获国家自然科学二等奖、甘肃省自然科学一等奖、中国科学院教育教学成果奖二等奖、基金委“国家杰出青年科学基金”、科技部“中青年科技创新领军人才”、中组部“万人计划” 、“青藏高原青年科技奖”，享受国务院“政府特殊津贴”，入选“新世纪百千万人才工程”，并获“中国科学院优秀研究生指导教师”奖2次。